Dalam Bidang Pendidikan dan Pengajaran, Pondok Pesantren Qotrun Nada menyiapkan 4 (Empat) Program Khusus selain Kelas Reguler. Adapun Program Khusus adalah sebagai berikut:
- Program Khusus Tafaqquh Fiddiin, adalah Program yang dikhususkan bagi santri yang ingin mengaji dan mengkaji kitab-kitab salafy serta punya kemampuan di bidang membaca dan memahami kitab-kitab salafy. Kompetensi yang ingin dicapai dari Program ini adalah :
- Qiro’ah : Kemampuan membaca kitab
- Tarjamah : Kemampuan menerjemahkan kitab
- Qowaaid : Kemampuan memahami qoidah nahwu shorof
- Fahmun Nushush : Kemampuan memahami penjelasan nash kitab
- Program Khusus Tahfidz, adalah Program yang dikhususkan bagi santri yang ingin fokus dalam menghafal dan mengkaji Al-Qur’an. Kompetensi yang ingin dicapai dari Program ini adalah :
- Tahsin : Kemampuan membaca Al-Qur’an dengan fashih
- Hifzhu : Kemampuan menghafal Al-Qur’an dengan baik
- Tajwid : Kemampuan membaca Al-Qur’an dengan tajwid
- Kelancaran Hafalan : Kemampuan membacakan hafalan Al-Qur’an dengan lancar
- Program Khusus Al-Majmu’ah Al-‘Arabiyah, adalah Program yang dikhususkan bagi santri yang ingin fokus dalam menguasai kemampuan berbahasa Arab. Kompetensi yang ingin dicapai dari Program ini adalah :
- مهارة الكلام : Kemampuan berbicara
- مهارة القراءة : Kemampuan membaca
- مهارة الكتابة : Kemampuan menulis
- مهارة الاستماع : Kemampuan mendengar
- Program Khusus English Community, adalah Program yang dikhususkan bagi santri yang ingin fokus dalam menguasai kemampuan berbahasa Inggris. Kompetensi yang ingin dicapai dari Program ini adalah :
- Speaking : Kemampuan berbicara
- Reading : Kemampuan membaca
- Writing : Kemampuan menulis
- Listening : Kemampuan mendengar