Dalam Bidang Pendidikan dan Pengajaran di Pondok Pesantren Qotrun Nada dilakukan beberapa ragam instrumen penilaian untuk mengukur ketercapain santri dalam kemampuan akademik.
- Kemampuan dalam bidang Pengetahuan dan Keterampilan
- Mata Pelajaran Umum yang mengacu pada Kurikulum Kementerian Agama R.I. dan Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah.
- Mata Pelajaran Pondok : Pembelajaran dan Pemahaman Kitab Salafy dalam berbagai disiplin ilmu.
- Penguatan Kemampuan Bahasa Arab dan Inggris dengan Pembelajaran Modern dan penyediaan media-media yang mendukung.
- Kemampuan dalam bidang Tahsin Al-Qur’an.
- Mulai Tahun Pelajaran 2025/2026 ini dalam mencapai kemampuan ini Pondok Pesantren Qotrun Nada membagi menjadi 3 level:
- Level Ula
- Level Wustho
- Level Ulya
- Penentuan Level didasarkan pada hasil uji ulang yang dilakukan oleh Lembaga Tilawah Pondok Pesantren Qotrun Nada kepada seluruh santri.
- Setiap Level diselesaikan selama 6 (Enam) Bulan
- Setiap Santri yang telah lulus level berhak melanjutkan ke berikutnya, dan yang dinyatakan mengulang maka pada semester betikutnya akan tetap berada pada level yang sama.
- Setiap Santri yang sudah selesai sampai Level Ulya akan dilanjutkan pengajian kitab kuning / kitab salafy
- Mulai Tahun Pelajaran 2025/2026 ini dalam mencapai kemampuan ini Pondok Pesantren Qotrun Nada membagi menjadi 3 level:
- Kemampuan membaca dan memahami Kitab Kuning.
- Mulai Tahun Pelajaran 2025/2026, seluruh santri (selain kelas 1, Kelas 6 dan Takhossus 3) diberikan pembelajaran Tata Cara Membaca Kitab Kuning melalui metode Amtsilati.
- Pembelajaran ini ditargetkan maksimal selesai selama 2 Tahun Pembelajaran secara teori dan praktek.
- Selanjutnya pada Tahun Ke-3 dilakukan Kajian Kitab Kuning / Kitab Salafy dari berbagai disiplin keilmuan dengan mempraktekkan hasil dari pembelajaran Amtsilati.
- Kegiatan Ekstrakurikuler yang beragam dengan kurang lebih ada 40 kegiatan.




